保护区有鱼类46种，隶属于9科。两栖类、爬行类相对贫乏，两栖类有四科六种，分别为**北鲵、大蟾蜍、花背蟾蜍、无斑雨蛙、黑斑蛙、黑龙江林蛙；爬行类有鳖和麻蜥两种。兽类21种，隶属5目9科。昆虫类277种，隶属于11目65科。
鸟类约260种，隶属17目48科。其中**重点保护鸟类有35种，**为**的是鹤类，全**有15种，中国有9种，本区就有丹顶鹤、白鹤、白头鹤、白枕鹤和蓑羽鹤6种，不愧为独步**的“鹤乡”。其中四种为繁殖鸟，全**现存丹顶鹤2000只，本区即有346只的繁殖种群，占全**丹顶鹤总数的17.3%，现已列入**濒危种类。白枕鹤有34只，灰鹤1986年第一次发现巢，蓑羽鹤有50多只。有**一、二级保护鸟类35种，一级有丹顶鹤、白枕鹤、白琵鹭等。沼泽边缘和临近农田常见到大鸨。除丰富的鸟资源外，还有20种兽类，包括狼、赤狐、狍、獾和黄羊等；两栖类四种，有中国林蛙、黑斜线蛙、列斑雨蛙、花嘴蟾蜍；爬行动物有3种，包括蜥蜴、淡水龟等；水生鱼类40种，鲫鱼**为丰富。
扎龙自然保护区中的“扎龙湖观鸟旅游区”长8公里，宽9公里，面积1550公顷，包括：
榆树岗，观鸟者可以接待处听情况介绍，看有关扎龙自然保护区和鹤的录象电影，登望鹤楼远眺鹤类等水禽赖以栖息繁殖的湿地景观，及参观展览厅和鹤类驯养繁殖场；
龙泡子（扎龙南湖）大泡子（扎龙北湖）、西沟子（系自然河道）和扎龙养鱼池，观鸟者可以明水水面观察到众多的雁鸭类、秧鸡类、鸥类等游禽及在近水草甸栖息的小涉禽；
九间房、大场子，为芦草沼泽景观，观鸟者可以观赏到鹭类、鹮类的群巢区和鹤、鹳等涉禽及沼泽猛禽；
土木克西岗，可看到大量农田居民区鸟类；
扎龙苗圃及其毗邻草甸草原，可观察到林栖鸟类和草原旷野鸟类及大鸨、蓑羽鹤等。在“扎龙湖观鸟旅游区”里，游客可观保护区和鹤的录象电影，登楼凭眺湿地景观，参观养殖场，在苗圃和林场内，可观察到林栖鸟类和草原旷野鸟。
